1998年7月,饮酒会归来的下雨之夜,黑桐干也收留了一位无家可归的少女。但不久,少女不辞而别,去向不明。
与此同时,发生了连续杀人事件。死者无一例外,都是由于身体被强大的力量过渡扭曲而死。伽蓝堂开始为此展开调查。
一步步深入的调查,犯罪者居然是当时不辞而别的少女浅上藤乃,而她的能力更是惊人的强大。两仪式,拥有“直死之眼”的少女,再次提起匕首迎战。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化,本作为第三章电影版。
《空之境界 第三章 痛觉残留》的上映日期是2008-02-09(日本)。 《空之境界 第三章 痛觉残留》的别名有:空之境界电影版3:痛觉残留 / Gekijô ban Kara no kyôkai: Dai san shô - Tsukakû zanryû。